第1クールと同様に検体は健康家畜の糞便とし、検体数は都道府県ごとに各菌種とも4畜種（肥育牛、肥育豚、採卵鶏及びブロイラー）×6畜産経営体以上×1検体＝24検体以上を原則とし、1検体から都道府県ごとに指定された菌種を2株まで分離することとした。

　本調査は、対象菌種ごとに統一化、平準化された分離培養法、菌種同定法及び薬剤感受性試験法により実施した。同定は、形態学的及び生化学的性状検査により行った。

　分離菌株の供試薬剤に対する感受性の測定は、CLSI（臨床検査標準協会（旧NCCLS米国臨床検査標準委員会））の提唱する寒天平板希釈法に準拠した方法により実施し、最小発育阻止濃度（MIC）を求めた。なお、耐性限界値（ブレークポイント）は、CLSIが定めたものについてはその値とし、CLSIで規定されていない薬剤については、原則として平成13年度 に本調査で得られた値（二峰性を示すMIC分布の中間点）とした。

　サルモネラは、供試された243検体中23 検体（9.5 ％）から39株（肥育牛由来0株、肥育豚由来7株、採卵鶏由来5株及びブロイラー由来27株）が分離された。分離菌株の血清型は、6種類認められ、そのうちSalmonella Infantisが21株（ブロイラー由来16株、採卵鶏由来5株）で、約半数を占めていた。

　分離された39株の薬剤感受性試験成績を表1（PDF：49KB）に示した。供試した15薬剤のうち7薬剤（ DSM、KM、OTC、BCM、CP、NA及びTMP）に耐性が認められ、その耐性率は2.6～71.8％であった。セフェム系薬剤（CEZ及びCTF）及びフルオロキノロン剤（ERFX）に対しては全て感受性を示した。

　カンピロバクターは、供試された331検体中124検体（37.5％）から223株（肥育牛由来27株、肥育豚由来64株、採卵鶏由来68株及びブロイラー由来64株）が分離された。菌種の内訳は、Campylobacter jejuni 132株及びC. coli 91株であった。肥育牛、採卵鶏及びブロイラーからは主にC. jejuniが、肥育豚からはC. coliが分離された。

　分離された223株の薬剤感受性試験成績を表2（PDF：49KB）に示した。供試した9薬剤のうち7薬剤（ABPC、DSM、EM、OTC、CP、NA及びERFX）に対する耐性株が認められ、それらの耐性率は9.9～54.7％であった。菌種別の耐性率は、EMではC. jejuni 0％及びC. coli 33.0％であった。ERFXではC. jejuni 25.0％及びC. coli 53.8％であった。

　腸球菌は、一般腸球菌（Enterococcus spp.）の選択培地による分離では、供試された269検体中227検体（84.4％）から424株（肥育牛由来102株、肥育豚由来97株、採卵鶏由来118株及びブロイラー由来107株）が分離された。

　分離された一般腸球菌424株の薬剤感受性試験成績を表3（PDF：49KB）に示した。調査薬剤のうち10薬剤（ABPC、DSM、GM、KM、OTC、EM、LCM、ERFX、CP及びAVM）に対して耐性株が存在し、その耐性率は一般腸球菌で0.5～47.4％であった。このうち81株（肥育牛由来13株、肥育豚由来19株、採卵鶏由来31株及びブロイラー由来19株）がE.faecium として分離され、VGMに対しては、すべて感受性株であった。

　一方、バンコマイシン（VCM）添加培地を用いた選択分離においては、269検体中6検体（2.2％）から10株が分離された。これらの株は、E.gallinarum及びE.casseliflavusで、VCMのMIC値はブレークポイント以下であったことからいずれも感受性株と判断された。

　大腸菌は、供試された264検体中242検体（91.7％）から、450株（肥育牛由来130株、肥育豚由来106株、採卵鶏由来112株及びブロイラー由来102株）が分離された。

　これらの大腸菌450株の薬剤感受性試験成績を表4（PDF：49KB）に示した。供試した15薬剤のうち12薬剤（ABPC、 CEZ、 CTF、 DSM、 GM、 KM、 OTC、 BCM、 CP、 NA、 ERFX 及びTMP）に対する耐性株が存在し、それらの耐性率は0.7～42.2％であった。