要完全防止家畜传染病经国际物流侵入日本的方法是停止物流，即採取禁止进口措施。但要以禁止所有物品的进口来应付传染病的入侵，科学角度上并不合理，且在社会经济活动的角度上也是不现实的。因此，在指定监视传染病（指日本家畜传染病预防法第2条的「家畜传染病」及第4条的「申报传染病」）当中，病理性质强且传播性强的恶性传染病(现有5种疾病,为牛疫、口蹄疫、猪瘟、非洲猪瘟及高致病性的禽流感)，日本政府会综合上述家畜卫生情况（包括恶性家畜传染病的发生状况、发生地区的防疫措施执行情况等）将各地区分为2类（第1类为「经由动物畜产品等进口将该对象疾病，带入我国风险非常低的地区」，第2类则为「不能否定经由动物畜产品等进口将对象疾病带入我国风险的地区」），并决定禁止进口的物品(执行条例第43条)。

此外，为应对世界中经常变化的家畜传染病，设定防疫国际标准，迅速收集，提供有关疫情资讯以防止国际性蔓延的国际机构有，世界动物卫生组织(OIE)(外部连结)及联合国粮食及农业组织(FAO)(外部连结)等，我国会考虑这些国际机构提供的资讯等来实行禁止进口措施。

另外，对于「已知家畜传染病以外的病原体（即监视传染病病原体及新兴疾病病原体)」，为避免不慎的处理令该等病原体在国内扩散，引起传染病的蔓延，失去检疫的意义，日本农林水产省将其定为禁止进口物品。

但如完全禁止进口，会有机会妨碍学术研究和利用此等病原体的疫苗制造，所以设定了在有农林水産大臣的认可便可进口之门槛。但在防止病原体扩散的观点上，签发进口许可时可以附加必要的条件。
 

禁止未确认的监视传染病病原体及家畜传染病病原体进口日本，已确认的监视传染病病原体及家畜传染病病原体除外。为确保能准确有效地实施防疫措施应付日本国内存在的传染病，日本农林水产省需把握有机会成为污染源头的进口病原体所在地，进口人士必须向农林水产大臣申报其进口之病原体名称、进口时期、地点等。农林水产大臣会公开申报对象病原体的名单。
 

进口动物及畜产品等，会有把家畜传染病的病原体传入我国的风险，这些物品当中，特别是有高家畜传染病病原体传播风险的物品被称为「指定检疫物」。在进口这些指定检疫物时，除了「没有动物检疫政府机构的国家」外，对象物品需要在出口前通过该国政府机构检查，如未有提交该政府机构发出的检疫证明书，不得进口日本。换言之，如要进口「指定检疫物」，不论数量的多寡、目的，必须提交出口国家政府机构(相当于日本的动物检疫所)发出的检查证明书(统称「兽医证明书」、「Health Certificate」等)。此外，检查证明书会以SPS条约的国际基准记载「确认／相信不会有扩散监视传染病病原体的风险」内容的概要，其目的是协助各国检疫卫生措施的协调，通常，出口国会事先与进口国签订家畜卫生条款。另外，负责签订家畜卫生条款的是农林水产省消费・安全局动物卫生课。

提交的「进口检查证明书复印本」是指，以碳式复写纸等可确认证明人士署名是亲笔签署的复印本，复印机的复印本不被认作「复印本」。此外，以下的情况也不适用该法则。

此外，在处理无须提交检查证明书的进口时，应实施足够免除出口国出口检查水平的进口检查，而需要接受隔离检查的动物，在满足本条例正文法则规定的情况下进口日本，会实行长时间的隔离。另外，现在以电子形式送交的证明书，有澳洲检查证明书(eCert)。以电子形式送交的证明书只可在动物检疫所的终端机阅览。进口人士会收到澳洲政府发出的通知，以知会该证明书的号码。

因应情况，「指定检疫物」的进口地点会有机会成为，家畜传染病的病原体入侵我国的门户，为防止家畜传染病病原体的侵入，进口地点必须是少量，并有可以足够实施进口检查的设备，在设施等不齐备地方的进口是不被认可的。
可以进口指定检疫物的港口是，各部门认可之特定港口或机场(以下称为「指定港口」)，在执行法则第47条有记载关于各指定检疫物的物种和各种指定运送方法。
此外，因邮包的检查会在国际通关邮政局进行，所以不受进口地点限制。

集中在同一时间，特定港口进口动物，除了会妨碍「在该港口隔离设施内实行的动物检疫措施」外，还有发生进口检疫混乱的风险，在防止传染病侵入的角度上，未经检疫的动物在隔离设施附近滞留也不理想。所以有意进口农林水产大臣指定动物(执行法则第47条之2)之人士，必须向动物检疫所申报进口的有关事项。如动物检疫所长认为在实行动物检疫上有特别需要，可指示其更改进口时期或地点。此行为的目的是为了令检疫进行更顺利并更有效地利用动物隔离设施。 

指定检疫物是指，在家畜防疫上需要警惕之物，并为了接触后不会发生家畜防疫问题,必须经常提醒有关人士该检疫物的存在。所以，从外国承载指定检疫物到达港口的船只，停泊后应立即扬旗或亮起检疫信号直至该物品通过船上检查，完成卸货或该船只驶出港口为止。
有关扬起或亮起的标志，根据执行条例第48条记载为以下形式。

关于进口检查有明文规定，进口指定检疫物(第41条记载的「已进行进口事前检查并合格的物品及邮包」除外)的人士，不论其进口的数量多寡及目的，必须向动物检疫所申报，不得违误。因「指定检疫物」是被视为有高家畜传染病扩散风险的物质，所以置「指定检疫物」不顾，会相对增加扩散该病原体的风险。
此外，如物品的状态与进口时有很大的差异，很大机会影响对病原体扩散风险的判断，所以检查时必须以进口时的状态接受检查。
进行检查的家畜防疫官原则上是由农林水産大臣任命，该职位会由兽医或拥有畜产知识人士担任，并附属于动物检疫所。

此外，关于可以实施指定检疫物的地方，为极力减低扩散家畜传染疾病病原体的风险，不可分散贮藏未检疫动物、畜产品。从「万一发生状况时，作出迅速对应是非常重要」之观点出发，可以进行指定检疫物检疫的地方限定为，可以满足以上条件的动物检疫所或指定港口内家畜防疫官指定的地方及，在有特殊原因的情况下农林水产大臣指定的地点。

关于指定检疫物品送往以上检查地点的运送，为防止在运送过程中扩散家畜传染病病原体等，运送时需施行防疫处理。因此家畜防疫官可作出相关路线等的必要指示。

另外，即使是指定检疫物以外的物品如证实已受/有可能受家畜传染病病原体污染，家畜防疫官可迅速对该物品进行检疫。

为判断入境乘客的随身行李中有否指定检疫物和需要检查的物品(为指定检疫物以外之物并受监视传染病病原体污染，或有被受污染风险的物品)，家畜防疫官可向从日本国外入境的船只和飞机乘客进行必要的查问，并在必要的情况时检查其行李。

此外，最理想的情况是在进口(卸货)前，对所有指定检疫物品，受/有机会受家畜传染病病原体污染的物品实行检查，并只卸落检查合格品。但因对所有物品进行检查有一定难度，所以原则上检查会在进口(卸货)后实施。但在家畜防疫官认为，该物品受/有很大机会受家畜传染病病原体污染时，可以在进口(卸货)前，在船只或飞机内进行检查。
 

载有指定检疫品的邮包，只能以小型包装及小包邮包邮出，不能使用其他的方式或挂号方式进口。因在检查指定检疫品时必须打开邮包，为确保通讯内容的私隐性，对运送方法有一定限制。例如文件类的邮件不能寄载指定检疫物。此外，根据万国邮政公约，禁止邮寄活的动物(指定检疫物中的蜜蜂除外)。

以邮寄方式进口的指定检疫物，必须以方便家畜防疫官进行检查的方法包装。另外，进行通关手续的邮政局在发现或怀疑载有指定检疫物品的邮包时，必须通知动物检疫所。家畜防疫官可要求收件人打开该邮包以便进行检查，或在邮局职员在场的情况下打开检查。

如收件人收到含指定检疫物的邮包，有义务向动物检疫所申报并接受检查。

根据第40条、第41条、第42条及第43条检查的结果(如经检查证明该指定检查物等已受监视传染病的病原体污染或有被受污染的风险时，则指第46条实施措施后的结果)，证明指定检疫物等没有扩散家畜传染病病原体风险时，为避免混淆未接受检查的物品，必须在该物品上明记合格的标示。因此，在进行进口检查及必要的处理措施(消毒等)后，确认指定检疫品没有扩散监视传染病的风险时，家畜防疫官会签发进口检疫证明书。

此外，在检查指定检疫品以外的物品(指定检查物)后如有要求，家畜防疫官须签发该证明书。

为防止经动物及畜产品等国际交流而引起的家畜传染病传播，在进口这些物品时会进行检查。同样，对于从我国出口的物品，在国际动物卫生的角度上，出口安全物品以响应国际间的家畜卫生上的信誉。

上述需要检查的物品除了是指，在进口我国时为检查对象(指定检疫物)当中的：「生物」、「以孵化为目的的蛋类」、「精液」、「受精卵」、「未受精卵」及「受有关鸟兽保护及管理、狩猎的合理化法律(2002年法律第88号)规定野生动物由来的制品」外，还包括对方国家要求出口国证明书(证明该物品没有扩散家畜传染病风险)的动物、畜产品等。对于以上物品除了会进行与进口时同样的检查外，如进口国家政府对于该物品进口时有特别要求，家畜防疫官也会因应进行相应的检查，而消毒则由出口人士进行。

另外，为判断从日本出境人士的随身行李中有否需要检查的物品，家畜防疫官可进行必要的查问，并在必要的情况时检查其行李。

经检查后，确认该物品没有扩散家畜传染病风险时，家畜防疫官会签发出口检疫证明书。某些情况下，此证明书会以对方国家要求的样式签发。
注意，签发的出口检疫证明书只限于证明该物品没有扩散家畜传染病的风险，样式也只限于对方国家指定样式。因此，该证明书只证明动物或畜产品没有扩散家畜传染病的风险，不代表可以证明全部出口物品。

家畜防疫官会实施进口检查(包括船只或飞机内的事先进口检查)及出口检查，经检查后如发现有关物品受家畜传染病污染，法律上有明文规定处理方法。
关于上述之措施，在家畜预防法第2章及第3章有规定，为预防家畜传染病的发生及家畜传染病的蔓延，措施会由都道府知事及家畜防疫人员(都道府职员)所执行。在进口检疫的情况，可解读为「各动物检疫所长及家畜防疫官执行是恰当的」。

根据检查结果,如确认有违反情况，家畜防疫官可依农林水产省令之基准，没收该物品。

  [参考]
此外，进口畜产品的消毒会由，进行检查的家畜防疫官以消毒标准进行，根据规定，该消毒会由曾参加在动物检疫所总部・支部每年举行1次的「进口畜产品消毒研习」的人员执行。
 

家畜防疫官为判断来自国外的入境人士及出境人士的携带物品中是否包含需消毒物品(在已发监视传染病之国外地区使用过且家畜防疫官认为有必要消毒之物品)，可向其进行询问，并检查、消毒其携带之物品。
因此，动物检疫所会进行「动物检疫问卷」的派发和回收。

此外，为圆滑地进行询问、检查、消毒，家畜防疫官可向出入境之船隻或航空公司等要求协助派发有关询问的文件，提供检疫手续相关资讯以及其他必要协助。 

属下列各项中任何一项者，将处罚三年以下徒刑或三百万日元以下的罚款（法人团体将为五千元日圆以下的罚款）。

违反法律第36条第1项、第37条第1项之人士
违反法律第40条第1项拒绝、妨碍进口检查之人士