家畜排せつ物の管理の適正化及び利用の促進に関する法律の施行について
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11畜A第2607号
平成11年11月1日
一部改正 平成20年10月1日
最終改正 令和4年7月1日
都道府県知事あて
農林水産省畜産局長
家畜排せつ物の管理の適正化及び利用の促進に関する法律（平成11年法律第112号。以下「法」という。）は、第145回国会において成立し、平成11年11月1日から施行された。また、同日付けで、家畜排せつ物の管理の適正化及び利用の促進に関する法律施行令（平成11年政令第348号。以下「令」という。）及び家畜排せつ物の管理の適正化及び利用の促進に関する法律施行規則（平成11年農林水産省令第74号。以下「規則」という。）が施行された。
これらの法令の円滑な運用を図るため、「家畜排せつ物の管理の適正化及び利用の促進に関する法律の施行について」が別紙のとおり定められたので、御了知の上、その円滑かつ適確な運用について特段のご配慮をお願いする。
第1 法制定の趣旨
家畜排せつ物については、これまで、畜産業における資源として、農産物や飼料作物の生産に有効に利用されてきたところである。しかしながら、近年、畜産経営の急激な大規模化の進行、高齢化に伴う労働力不足等を背景として、家畜排せつ物の利用が困難になりつつある一方、その不適切な管理により地域の生活環境に関する問題も生じている。他方、我が国全体において資源循環型社会への移行が求められるとともに、国民の環境意識が高まる中で、家畜排せつ物について、その適正な管理を確保し、たい肥として農業の持続的な発展に資する土づくりに積極的に活用するなどその資源としての有効利用を一層促進する必要がある。
本法は、こうした状況を踏まえ、畜産業を営む者による家畜排せつ物の管理に関し必要な事項を定めるとともに、家畜排せつ物の処理の高度化を図るための施設の整備を計画的に促進する措置を講ずることにより、家畜排せつ物の管理の適正化及び利用の促進を図り、もって畜産業の健全な発展に資することを目的して制定されたものである。
第2 定 義
この法律において「家畜排せつ物」とは、牛、豚、鶏その他政令で定める家畜の排せつ物をいうこととされた（法第2条）。
本法の対象となる家畜のうち、牛、豚及び鶏については、我が国畜産において広く振興が図られ、排せつ物の発生量も多いことから、法律において列記し、それ以外の家畜については、家畜の飼養動向等に応じて弾力的に対応しうるよう政令で指定することとされたものである。政令では、飼養動向、排せつ物の発生量、排せつ物の管理のあり方に関する問題の発生状況等を踏まえ、馬が指定された（令第1条）。
第3 家畜排せつ物の管理の適正化のための措置
1 趣旨
近年、畜産経営の大規模化の進行に伴い、個別経営体内における家畜排せつ物の発生量が著しく増大し、その利用が困難になりつつあることから、いわゆる野積み・素掘りをはじめとする家畜排せつ物の不適切な管理が増えている。このことが主な原因となって、家畜排せつ物の管理のあり方をめぐり、畜産業を営む者と地域住民との間で問題が生じる事例も見受けられるようになっている。このため、家畜排せつ物の管理について、畜産業を営む者が遵守すべき必要最小限の管理基準を定めることとし、併せて当該基準の遵守がなされるよう実効的な措置を定めることとしたものである。
2 管理基準
畜産業を営む者は、農林水産大臣が定める管理基準に従い、家畜排せつ物を管理しなければならないこととされた（法第3条第1項、第2項）。
(1) 管理基準の内容
管理基準の具体的な内容は、次のとおりである（規則第1条第1項）。
[1] たい肥舎その他の家畜排せつ物の処理又は保管の用に供する施設（以下「管理施設」という。）の構造設備に関する基準
ア 固形状の家畜排せつ物の管理施設は、床を不浸透性材料（コンクリート等汚水が浸透しないものをいう。以下同じ。）で築造し、適当な覆い及び側壁を設けること。
イ 液状の家畜排せつ物の管理施設は、不浸透性材料で築造した貯留槽とすること。
[2] 家畜排せつ物の管理の方法に関する基準
ア 家畜排せつ物は管理施設において管理すること。
イ 管理施設の定期的な点検を行うこと。
ウ 管理施設の床、覆い、側壁又は槽に破損があるときは、遅滞なく修繕を行うこと。
エ 送風装置等を設置している場合は、当該装置の維持管理を適切に行うこと。
オ 家畜排せつ物の年間の発生量、処理の方法及び処理の方法別の数量について記録すること。
なお、不浸透性材料としては、コンクリートのほか、鋼板、防水シート等が該当する。
(2) 管理基準の適用を受けない畜産業を営む者の範囲
(1)の管理基準については、その飼養する家畜の頭羽数が、牛及び馬にあっては10頭未満、豚にあっては100頭未満、鶏にあっては2000羽未満の畜産業を営む者については、適用しないこととされた（規則第1条第2項）。これは、飼養規模が小規模な者については、排せつ物の発生量が少ないこと、自己所有の農地・草地に還元することで、野積み・素掘り等が解消される可能性が高いことを踏まえたものである。
なお、管理基準の適用を受けない小規模な者にあっても、その家畜排せつ物について適正な管理が行われるべきことの重要性は同じであることにかんがみ、適正な管理がなされるよう必要に応じ指導されたい
(3) 管理基準の猶予期間
管理施設の整備には一定の期間を必要とすること等を考慮して、管理基準のうち、構造設備に関する基準（[1]）及びこれに関連する管理の方法に関する基準（[2]ア）については5年後の平成16年11月1日から施行し、また、記録の実施（[2]オ）については3年後の平成14年11月1日から施行することとされた（規則附則ただし書）。
なお、野積み、素掘り等の家畜排せつ物の不適切な管理は早急に解消されるべきものであり、できるだけ計画的かつ速やかな対応が図られるよう指導を行われたい。
3 指導・助言、勧告、命令等
(1) 指導及び助言
都道府県知事は、家畜排せつ物の適正な管理を確保するため必要があると認めるときは、畜産業を営む者に対し、管理基準に従った家畜排せつ物の管理が行われるよう必要な指導及び助言をすることができることとされた（法第4条）。
家畜排せつ物の適正な管理を実現するための措置は、畜産業を営む者が自らの問題として、自発的に管理の改善を行っていく方向に誘導するような措置とする必要があることを考慮し、本法においては、勧告、命令といったより強い措置の前に、指導及び助言といった、畜産業を営む者の自発的な管理の改善を促すのに効果的な措置を行うこととしたものである。
(2) 勧告、命令
都道府県知事は、法第4条の規定による指導又は助言をした場合において、畜産業を営む者がなお管理基準に違反していると認めるときは、当該畜産業を営む者に対し、期限を定めて、管理基準を遵守すべき旨の勧告をすることができることとされた（法第5条第1項）。また、都道府県知事は、法第5条第1項の規定による勧告を受けた者が当該勧告に従わなかったときは、当該者に対し、期限を定めて、その勧告に係る措置をとるべきことを命ずることができることとされた（法第5条第2項）。
このように勧告といった措置を命令に前置した理由は、家畜排せつ物の管理が営農行為の一環であることにかんがみ、畜産業を営む者に対し更に強く自発的な管理の改善を促し、慎重な手続を経た上で罰則の対象となる命令を行う必要があることを考慮したものである。
また、勧告を受けた後においても管理基準に従う意志のないと認められる者に対しては、自発的な改善がもはや期待できないことから、実効力を持った措置として、当該勧告に係る措置をとるべき旨の命令を発することができることとしたものである。
この規定による命令に違反した場合には、50万円以下の罰金に処せられる（法第15条）。
(3) 報告の徴収及び立入検査
都道府県知事は、法第4条及び第5条の規定の施行に必要な限度において、畜産業を営む者に対し、必要な報告を命じ、又はその職員に、畜産業を営む者の事業場に立ち入り、家畜排せつ物の処理若しくは保管の用に供する施設の構造設備、帳簿、書類その他の物件を検査させることができることとされた（法第6条第1項）。
都道府県知事による報告の徴収及び立入検査は、管理基準に基づき都道府県知事が行う指導・助言、勧告、命令といった措置を適正かつ確実に実施するために行われるものである。
この規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をした場合、又は検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した場合は、20万円以下の罰金に処せられる（法第16条）。
第4 家畜排せつ物の利用の促進を図るための措置
1 趣旨
本法においては、家畜排せつ物の利用の促進を図るための計画制度が創設されたところである。
畜産経営における家畜排せつ物の有効な利用を確保するためには、畜産業を営む者の管理基準の遵守にとどまらず、その利用の促進を積極的に支援していく必要がある。このためには、畜産業を営む者、農業関係団体、市町村、都道府県等の関係者の取組の指針となるよう、家畜排せつ物の利用の促進を行うことの意義を明確にする必要がある。また、たい肥舎等の施設について、その全国的・計画的な整備を図って行く観点から、設置することが望ましい施設・設備の内容、水準についても明確にする必要があるところである。本法においては、こうしたことを踏まえ、国の基本方針、都道府県計画等からなる家畜排せつ物の利用の促進のための計画制度を設け、関係者が一体となって取り組むことを明確にしたものである。
2 基本方針
(1) 基本方針の策定
農林水産大臣は、家畜排せつ物の利用の促進を図るための基本方針（以下「基本方針」という。）を定めなければならないこととされた（法第7条第1項）。
基本方針において掲げる事項とその概要は次のとおりである（法第7条第2項）。
[1] 家畜排せつ物の利用の促進に関する基本的な方向
家畜排せつ物の利用の促進を図ることの意義、施策（施設整備、技術の向上等）の推進の基本的方向について、その考え方を明らかにすることとしている。
[2] 処理高度化施設（送風装置を備えたたい肥舎その他の家畜排せつ物の処理の高度化を図るための施設をいう。以下同じ。）の整備に関する目標の設定に関する事項
都道府県計画において、地域の実情に応じた施設の整備目標を掲げることとされているが、目標設定に当たり参考にすべき事項（整備・未整備の考え方）、一層の利用を図るため整備することが望ましい施設・機械についての基本的考え方等について示すこととしている。
[3] 家畜排せつ物の利用の促進に関する技術の向上に関する基本的事項
家畜排せつ物の利用技術の向上のため、地方公共団体や関係団体が実施する研修等のあり方についての基本的考え方を示すこととしている。
[4] その他家畜排せつ物の利用の促進に関する重要事項
家畜排せつ物由来のたい肥等の需要拡大に関し、地方公共団体、関係団体等が努力すべき事項等についての基本的考え方を示すこととしている。
なお、処理高度化施設は「送風装置を備えたたい肥舎その他の家畜排せつ物の処理の高度化を図るための施設をいう。」とされているが、これは、大型の処理施設等において、たい肥を効率的に生産する観点から、送風装置や攪拌装置を付設している例が増えてきていることを踏まえ、処理高度化施設の例示として示されているものであるが、通常のたい肥舎であっても、フロントローダを利用した切り返し等を励行することにより良質なたい肥生産が可能であること、また、直接家畜排せつ物の処理に係らない畜舎等であっても、たい肥舎等処理施設と一体的に整備することにより、処理高度化が図られる場合もあること等を踏まえれば、「処理高度化施設」の対象となる施設は、個々の畜産経営や地域の畜産の実情に合わせて広く考えられるべきものである。
(2) 基本方針の変更
農林水産大臣は、情勢の推移により必要が生じたときは、基本方針を変更するものとされた（法第7条第3項）。
(3) 基本方針の公表
農林水産大臣は、基本方針を定め、又はこれを変更したときは、遅滞なく、これを公表しなければならないこととされた（法第7条第4項）。
3 都道府県計画
(1) 都道府県計画の策定
都道府県は、当該都道府県における家畜排せつ物の利用の促進を図るための計画（以下「都道府県計画」という。）を定めることができることとされた（法第8条第1項）。
都道府県計画の内容は、基本方針の内容に即するものでなければならないこととされたが、その概要は以下のとおりである（法第8条第2項）。
[1] 家畜排せつ物の利用の目標
当該都道府県における家畜排せつ物の利用の現状、計画期間中に達成すべき利用目標等について定めるものとする。
[2] 整備を行う処理高度化施設の内容その他の処理高度化施設の整備に関する目標
当該都道府県における家畜排せつ物の処理・保管施設の整備の現状、計画期間中に達成すべき施設の整備目標、整備の主体・方法等、地域における望ましい施設の整備のあり方等について定めるものとする。
[3] 家畜排せつ物の利用の促進に関する技術の研修の実施その他の技術の向上に関する事項
たい肥化技術、飼料給与の方法の改善等畜産業を営む者が取り組むことが望ましい事項、地方公共団体や関係団体が実施する研修会等家畜排せつ物の利用の促進に資する技術の向上に関する事項について定めるものとする。
[4] その他家畜排せつ物の利用の促進に関し必要な事項
たい肥の需要拡大のための取組方向等について定めるものとする。
なお、都道府県計画については、農林水産大臣が定める目標年度までの期間につき作成することとされたが（規則第3条第1項）、その目標年度については、2の基本方針の目標年度と同一の年度とすることとしている。
(2) 農林水産大臣への協議
都道府県は、都道府県計画を定め、又はこれを変更しようとするときは、当該都道府県計画に定める[1]及び[2]に掲げる事項について、農林水産大臣に協議しなければならないこととされた（法第8条第3項）。
また、都道府県はこの協議をしようとするときは、その協議書に当該都道府県計画及びこれに定める[1]及び[2]に規定する事項が適当であるかどうかを判断するために必要な事項を記載した説明書を添えて、農林水産大臣に提出するものとされた（規則第3条第2項）。
(3) 都道府県計画の公表等
都道府県は、都道府県計画を定め、又はこれを変更したときは、遅滞なく、これを公表するとともに、農林水産大臣に報告しなければならないこととされた（法第8条第4項）。
4 処理高度化施設整備計画
畜産業を営む者は、処理高度化施設の整備に関する計画（以下「処理高度化施設整備計画」という。）を作成し、これを当該処理高度化施設整備計画に係る処理高度化施設の所在地を管轄する都道府県知事に提出して、当該処理高度化施設整備計画が適当である旨の認定を受けることができることとされた（法第9条第1項）。
(1) 処理高度化施設整備計画の認定申請手続
処理高度化施設整備計画の認定を受けようとする者は、別記様式第1号により、[1]処理高度化施設の整備の目標、[2]処理高度化施設の整備の内容及び実施時期、[3]処理高度化施設の整備の実施に伴い必要となる資金の額及びその調達方法等について記載した処理高度化施設整備計画認定申請書を作成して（法第9条第2項）、処理高度化施設整備計画に係る処理高度化施設の所在地を管轄する都道府県知事に提出するものとする。
(2) 処理高度化施設整備計画の認定基準
処理高度化施設整備計画についての都道府県知事の認定は、当該計画が都道府県計画に照らし適切なものであり、かつ、その達成される見込みが確実である場合に認定するものとされた（法第9条第3項、規則第4条）。
(3) 処理高度化施設整備計画の認定の通知
都道府県知事は、処理高度化施設整備計画の認定を行った場合には、その旨を申請者及び関係金融機関に通知するものとする。
(4) 処理高度化施設整備計画の変更
[1] 法第9条第1項の認定を受けた者（以下「認定者」という。）は、当該認定に係る処理高度化施設整備計画（以下「認定計画」という。）を変更しようとするときは、別記様式第2号による処理高度化施設整備計画変更認定申請書を都道府県知事に提出しその認定を受けるものとされた（法第10条第1項）。
[2] （2）の規定は、認定計画を変更する場合について準用することとされた（法第10条第3項）。
(5) 認定計画の取消し
都道府県知事は、認定者が認定計画に従って処理高度化施設の整備を行っていないと認めるときは、その認定を取り消すことができることとされた（法第10条第2項）。
(6) 認定計画の取消しの通知
都道府県知事は、認定の取り消しを行った場合には、その旨を申請者及び関係金融機関に通知するものとする。
5 農林漁業金融公庫からの資金の貸付け
認定計画に従って処理高度化施設の整備を実施するために必要な長期かつ低利の資金を、認定者に対し、農林漁業金融公庫（沖縄県にあっては、沖縄振興開発金融公庫。以下同じ。）から貸し付けを行うことができることとされた（法第11条第1項）。
従来、畜産経営による環境汚染の防止に必要な施設の整備を図るための農林漁業金融公庫の資金として、畜産経営環境保全資金（以下「畜環資金」という。）の融資が行われてきたところであるが、家畜排せつ物処理施設の整備を重点的に行うため、農林漁業金融公庫の新資金を創設した。本資金では、畜環資金において行っていた施設の改良、造成、取得に対する融資に加え、多様な施設整備を可能にする観点から、施設の賃借料・利用料の全額の一時支払に必要な資金、家畜排せつ物の処理・有効利用を行う法人に参加するための現物出資に必要な施設の取得費等の内容が新たに盛り込まれたところである。
また、資金の貸付けの利率については最高年8分5厘、償還期限については据置期間を含め25年、据置期間については8年と範囲が定められ、農林漁業金融公庫はこの範囲内で利率、償還期限及び据置期間を定めることとされた（法第11条第2項、令第2条）。
なお、畜環資金は本法の施行に伴い廃止されるので、ご留意願いたい。
6 研究開発の推進等
国及び都道府県は、家畜排せつ物のたい肥化その他の利用の促進に必要な技術の向上を図るため、技術の研究開発を推進し、その成果の普及に努めるものとされた（法第12条）。
家畜排せつ物の利用の促進は、ハード面での施設整備のみによって図られるものではなく、ソフト面での技術開発が重要であることを踏まえ、国及び都道府県による技術の研究開発及びその成果の普及について努力規定が置かれたものである。
7 報告の徴収
都道府県知事は、第9条第1項の認定を受けた畜産業を営む者に対し、認定処理高度化施設整備計画の実施状況について報告を求めることができることとされた（法第13条）。
具体的には、認定計画に記載された各事項について、計画どおりに施設の整備が実施されているかどうかについて報告を求めることとなる。この規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をした場合には、20万円以下の罰金に処せられる（法第16条）。
第5 その他
1 税制上の特例措置の創設
本法の制定に併せて、畜産業を営む者が新たに整備するたい肥化施設等について、税制上の特例措置が講じられることとされた。
(1) 所得税・法人税（国税）
畜産業を営む者が新たに整備するたい肥化施設等について、青色申告する場合、その取得額の16％の特別償却ができることとされた（租税特別措置法施行令（昭和32年政令第43号）第5条の9第1項第2号、第28条第1項第2号、租税特別措置法第11条第1項の表の第1号から第3号等の規定の適用を受ける機械その他の減価償却資産及び期間を定める件（昭和48年5月29日大蔵大臣告示第69号））。
(2) 固定資産税（地方税）
畜産業を営む者が新たに整備するたい肥化施設等のうち、法の施行日（平成11年11月1日）から平成16年3月31日までに取得したものについて、取得後5年間課税標準を1/2とすることとされた（地方税法（昭和25年法律第226号）附則第15条第48項、地方税法施行規則（昭和29年総理府令第23号）附則第6条第98項）。
なお、固定資産税の特例措置については、地方税法施行規則附則第6条第98項において、同項第1号又は第2号に掲げる施設のいずれかに該当することについて農林水産大臣の証明がされたものとすることとされているが、これについては、別に農林水産大臣の定めるところによる（地方税法施行規則附則第6条第98項に規定する農林水産大臣の行う手続を定める件（平成11年10月29日農林水産省告示1457号））。
2 関係部局との連携
(1) 法第5条第1項の規定による勧告、同条第2項の規定による命令並びに第6条第1項の規定による報告の徴収及び立入検査の実施に当たっては、畜産担当部局と環境保全担当部局の間で相互に情報の伝達を図られたい。
(2) 法第7条第2項第2号に規定する処理高度化施設は、建築基準法（昭和25年法律第201号）第51条に規定する特殊建築物に該当し得るものであることから、法第9条第3項の認定を行うに当たっては、畜産担当部局と都市計画担当部局及び建設担当部局との調整があらかじめ行われるよう連携を図られたい。
3 市町村との連携
本法においては、管理基準に基づく指導、勧告等の措置、都道府県計画の策定は、都道府県の事務とされており、市町村の役割については規定が設けられていない。これは、都道府県においては、市町村と比べて、家畜保健衛生所、地域農業改良センター、畜産試験場等の畜産関係の諸機関を有し、指導体制が整っていると考えられることを踏まえたものである。しかしながら、本法の円滑な運用を図るためには、地域の実情に詳しい市町村の果たすべき役割は極めて大きいものがあることから、引き続き市町村の積極的な理解と協力が得られるよう特段のご配慮をお願いする。
様式第1号、第2号(PDF : 332KB)お問合せ先
畜産局 畜産振興課
代表：03-3502-8111
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