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農林水産省

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土地改良法施行令の一部改正について

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2構改B第1211号
平成2年8月1日

地方農政局長あて
北海道開発局長あて
沖縄総合事務局長あて
都道府県知事あて
全国土地改良事業団体連合会会長あて

農林水産事務次官


土地改良法施行令の一部を改正する政令(平成2年政令第239号)が平成2年8月1日に公布、施行された。この改正は、平成2年度予算及び消費税法の施行に関連するものであり、その概要は下記のとおりであるので、御了知の上、その運用に特段の御配慮をお願いする。
また、この改正に伴い、関係事項の整備を行うため「土地改良法の一部改正等について」(昭和52年12月28日付け52構改B第2844号農林事務次官依命通達)及び「土地改良法施行令の一部改正について」(昭和54年8月25日付け構改B第1681号農林水産事務次官依命通達)が別紙新旧対照表のとおり改正されたので、併せて了知されたい。
以上命により通達する。

I 平成2年度予算関連の改正
1 都道府県営かんがい排水事業の申請要件の緩和
都道府県営かんがい排水事業のうち、現に農業用用排水施設の利益を受けていない土地を受益地とするものについては、申請要件に係る受益面積(以下「受益面積」という。)が100ha以上とされてきたところである。
この申請要件により事業が実施され、生じた農業用用排水施設について、近年その更新期を迎えている施設が生じてきた状況を踏まえて、当該施設の更新(変更)に係る受益面積について、この度、おおむね100ha以上とするものとされた(土地改良法施行令(昭和24年政令第295号。以下「令」という。)第50条第1項第1号)。
2 中山間地域農村活性化総合整備事業の創設
(1) 近年の農業・農村をめぐる厳しい情勢の中で、地勢等の地理的条件が悪く、農業の生産条件が不利な地域(いわゆる中山間地域)における農業・農村の活性化を図ることが緊急の課題となっている。
このため、当該地域についての農林水産大臣が定める基準に適合する土地改良事業の施行に関する計画である特定地域土地改良総合整備計画に従って行う都道府県営及び団体営土地改良事業が創設された。
この事業は、次に掲げる土地改良事業のうち2以上の土地改良事業を実施するものであり、都道府県営事業に係る受益面積については当該2以上の土地改良事業に係る受益面積の合計がおおむね60ha以上とされた(令第50条第3項)。
(対象事業)
農業用用排水施設、農業用道路その他農用地の保全若しくは利用上必要な施 設の新設、廃止若しくは変更、区画整理、農用地の造成又は客土、暗きょ排水その他農用地の改良若しくは保全のため必要な事業
また、農林水産大臣の定める基準は、別途中山間地域農村活性化総合整備事業実施要綱(平成2年8月1日付け2構改D第475号農林水産事務次官依命通達)において定められた。
さらに、本事業の補助率は、60%(沖縄・奄美75%、離島65%)と定められた(令第78条第2項第2号の2、第8号の2、令附則第9項)。
(2) また、本事業の創設に伴い、総合土地改良計画に従って行う都道府県営及び団体営土地改良事業であって、農用地造成事業を基幹としその他の事業を併せ行うもの(以下「農地総合開発整備事業」という。)を廃止することとされた(土地改良法施行令の一部を改正する政令(平成2年政令第239号。以下「改正令」という。)による改正前の土地改良法施行令(以下「旧令」という。)第50条第2項第3号、第4号、第78条第2項第2号の2、第8号の2)。
ただし、都道府県営農地総合開発整備事業については、事業の施行に必要な事前の調査が改正令の施行前に開始されたものに限り、特例的に都道府県知事に申請を行うことができるものとされた(改正令附則第2条)ので留意されたい。
3 国営かんがい排水事業に係る都道府県の費用負担割合の変更等
(1) 国営かんがい排水事業に係る都道府県の費用負担割合の変更
国営かんがい排水事業のうち田以外をその受益地とするものにおいて、近年における水利用形態の多様化等を踏まえ、従来事業対象としていない小規模の農業用の用水施設の新設等の工事で農林水産大臣の指定するもの(以下「指定小規模用水工事」という。)について、この度、事業対象とすることができることとされた。
指定小規模用水工事に係る都道府県の費用負担割合について、都道府県営かんがい排水事業に係る国の補助割合を勘案し、一般型にあっては100分の50、特別型にあっては100分の52と設定されたことに伴い、国営かんがい排水事業に係る都道府県の費用負担割合の上限を一般型にあっては100分の45、特別型にあっては100分の47と変更された(令第52条第1項、第2項)。
また、北海道において行う本事業に係る指定小規模用水工事については、道営かんがい排水事業に係る国の補助割合を勘案し、これに係る都道府県の費用負担割合を一般型にあっては100分の45、特別型にあっては100分の47と設定し(令附則第5 項)、沖縄県において行う本事業に係る指定小規模用水工事ついては、国の費用負担割合を10分8と設定した(改正令附則第7条による沖縄振興開発特別措置法施行令 (昭和47年政令第185号)別表第1の改正)。
なお、指定小規模用水工事の内容については、国営かんがい排水事業実施要綱(平成元年7月7日付け元構改D第532号農林水産事務次官依命通達)において定められた。
(2) 離島において行う国営かんがい排水事業に係る都道府県の費用負担割合の特例
離島における国営かんがい排水事業に係る都道府県の費用負担割合については、従来一般型であって田以外の農用地を受益地とするものについての特例が設けられていたところであるが、離島において本事業が本年度から実施されることに伴い、これ以外についてもその特例を設けることとされ、これに伴う規定の整備が行われた(令附則第6項)。
なお、今回の改正に係る規定中「指定小規模用水工事」とは、(1)の指定小規模用水工事である。
4 都道府県営排水対策特別事業の事業内容の拡充及び適用期間の延長
本事業は、昭和62年度から実施されている水田農業確立対策に関連して、水田農業の体質強化及び転作の円滑な推進を図るため、水田の畑地利用の基礎的条件である排水条件を整備することを目的として実施されているところであるが、本事業について、次のような改正が行われた(令附則第2項)。
(1) 水田農業確立前期対策(実施期間:昭和62年度から平成元年度まで)の終了及び後期対策(実施期間:平成2年度から平成4年度まで〉の開始に伴い、都道府県営事業として申請できる期間を平成2年3月31日から平成5年3月31日までに延長することとされた。
(2) 事業施行の経済的効率性を高めるとともに、事業効果の早期発現を図る観点から、排水施設の整備に附帯して施行することを相当とする事業として、新たに、区画整理、客土又は暗きょ排水を加えることとされた。
5 農地流動化ほ場整備追加事業の創設
土地利用型農業における生産性の向上を図るため、平成元年度において、農用地の利用関係の改善を目的とした区画整理事業について、都道府県営事業の受益面積の特例が設けられたところである(令附則第3項)。
これは、区画の整備が行われていない農用地を対象とするものであるが、農用地の利用関係の一層の改善を図るためには、区画の整備が行われ、経営規模拡大のための基礎的条件が備わっている農用地について、ほ場に附帯する農業用用排水施設、農業用道路等に係る整備水準の均一化を図ることが必要である。
このため、区画整理が施行された農用地であって農林水産大臣が定める基準に該当するものを対象として、農業用用排水施設若しくは農業用道路の施設等、客土又は暗きょ排水を基幹事業(受益面積おおむね20ha以上)とし、農業用用排水施設若しくは農業用道路の新設等、区画整理、農用地の造成、客土又は暗きょ排水をこれと併せて行う事業を創設することとされた。
なお、農林水産大臣が定める基準は、ほ場整備関連農地流動化特別促進実験事業実施要綱(平成元年7月7日付け元構改D456号農林水産事務次官依命通達)において定められた。
また、本事業の補助率は50%と定められた(令附則第11項)。
6 水田農業確立後期対策の開始に伴う土地改良総合整備事業等の適用期間の延長
昭和62年度から実施されている水田農業確立対策に関連して、水田農業の体質強化及び転作の円滑な推進を図るため、次に掲げる事業について、平成元年度まで国の補助の対象としてきたところである。この度、水田農業確立後期対策(実施期間平成2年度から平成4年度まで)が開始されるのに伴い、同対策の推進に資するため、これらの事業について後期対策の実施期間に合わせ、平成4年度まで国の補助の対象とすることとされた。
(1) 特別排水不良地域において行れる土地改良総合整備事業
特別排水不良地域(農林水産大臣が受益地の地下水位の状況を勘案して定める基準に該当する地域)において行われる都道府県営及び団体営土地改良総合整備事業について平成4年度まで補助率を50%(通常45%)とする(令附則第15項)。
(2) 団体営小規模排水対策特別事業
排水不良地域において行われる団体営小規模排水特別対策事業(農林水産大臣が受益地の地下水位の状況等を勘案して定める基準に該当する団体営土地改良事業)について、平成4年度まで国の補助の対象とする(補助率45%等)。
(3) 団体営土地改良総合整備事業特別型
団体営土地改良総合整備事業特別型(農林水産大臣が定める小規模な土地を受益地とする等農林水産大臣が定める基準に該当する団体営土地改良事業)について平成4年度まで国の補助の対象とする(補助率3分の1)(令附則第34項)。
7 新技術導入促進ほ場整備事業の創設
土地利用型農業における生産性の向上を図るとともに、事業施行の経済的効率性を高めるためには、土地改良事業の工事の施行に当たって、近年開発されつつあり、今後普及することが期待される新技術を積極的に導入することが必要である。
このため、都道府県が行う区画整理事業の工事において、農林水産大臣がその工事に係る技術の内容等を勘案して定める基準に該当するものについては、国の補助率を50%とすることとされた(令別表第1の5の(12))。
なお、農林水産大臣が定める基準は、ほ場整備関連新技術導入促進事業実施要綱(平成2年8月1日付け2構改D第493号農林水産事務次官依命通達)において定められた。
8 北海道において行う低コスト化水田農業大区画ほ場整備事業の国の補助率の特例
土地利用型農業における生産性の向上を図るため、平成元年度において、事業施行後の農用地の区画がおおむね1ha以上であること等農林水産大臣が定める基準に該当する都道府県が行う区画整理事業について、受益面積がおおむね20ha以上、国の補助率が50%と定められたところである(令第50条第1項第5号の2、令別表第1の5の(11))が、この度、北海道において本事業が実施されることに伴い、本事業の北海道における補助率が55%と定められた(令別表第7の6の(8))。
II 消費税関連の改正
1 改正の趣旨
(1) 国営土地改良事業に係る都道府県の負担金のうち事業参加資格者等が負担する部分(以下「受益者負担部分」という。)については、それが消費税法(昭和63年法律第108号)における資産の譲渡等の対価に該当する場合においては、国営土地改良事業の実施主体である国に消費税が課されることとされている。
今回の改正は、当該消費税を円滑かつ適正に転嫁するため、国営土地改良事業に係る都道府県の負担金の算定方法等に関する規定が整備されたものである。
(2) 国営土地改良事業に係る都道府県の負担金のうち受益者負担部分に係る消費税の取扱いについての基本的な考え方は次のとおりとされている。
[1] 国営土地改良事業は、国が事業を実施し、事業実施地域内の事業参加資格者等が、その事業に係る負担金を支払うものであるが、これが「資産の譲渡等の対価」に該当するかどうかは、事業の内容により判定され、この場合、負担金を支払う事業参加資格者等が事業の成果を排他的、独占的に享受し得るかどうかが判定の基準とされている。
[2] 国営土地改良事業に係る負担金については、大きく次の3つのタイプに分類できる。
ア 農業用道路、防災施設及び農業用用排水施設を整備するものについては、事業参加資格者らが事業の成果を排他的独占的に享受するものではないため、その負担金は資産の譲渡等の対価に該当しない。
イ ほ場の区画の整形、客土等農用地そのものに工事を施すものについては、当該農用地に係る事業参加資格者等が事業の成果を独立的に享受していることとなるので、これに係る負担金は、資産の譲渡等の対価に該当する。
ウ 埋立て又は干拓の事業については、実質的に土地の譲渡等に該当することとなるため、非課税の取扱いとされる。
[3] なお、上記のタイプが1つの事業の中に混在しているのが通例であるため、具体的には消費税の納税時において、土地改良事業の負担金は個々の事業の内容に従って課税部分とそれ以外の部分とに区分されることとなる。
なお、国営土地改良事業につき土地改良法(昭和24年法律第195号。以下「法」という。)第90条第2項の省令で定める者がある場合においては、当該省令で定める者が負担する負担金については、当該国営土地改良事業の種類のいかんにかかわらず、課税として取り扱われることとされているので、留意されたい。
2 改正の内容
(1) 都道府県負担金の算定方法の改正
国営土地改良事業の実施につき消費税が課税される場合において国が納める義務がある消費税については、事業参加資格者等に転嫁すべきものとされている。
このため、この度消費税の適正かつ円滑な転嫁を図る観点から、国営土地改良事業に係る都道府県の負担金の算定に当たっては、国の納める義務がある消費税に相当する額(以下「国の消費税相当額」という。)についてその全額が都道府県に負担されるよう措置されたものである(令第52条第1項、第2項)。
なお、国の消費税相当額は、消費税法の規定に基づき、事業参加資格者等が負担する負担金に係る消費税額から当該負担金に対応する課税仕入れに係る消費税額を控除することにより算定されるものとされている。
(2) 都道府県の支払方法の改正
法第90条第1項の都道府県負担金のうち、国の消費税相当額に応ずる部分以外の部分(以下「消費税以外の部分」という。)については、従来どおり元利均等年賦支払方法又は一時支払の方法により支払わせるものとし、国の消費税相当額に応ずる部分については、別途農林水産大臣が定める支払の方法により支払わせるものとされた(令第52条の2第1項、第3項)。
この場合、「農林水産大臣が定める支払の方法」とは、消費税以外の部分につき元利均等年賦支払の方法により支払わせる場合にあっては、消費税以外の部分の各年度の支払額に対応する国の消費税相当額を当該各年度の支払額が支払われる年度に支払わせる方法であり、一時支払の方法により支払わせる場合にあっては、一時支払いされる負担金額に対応する国の消費税相当額を一時支払いされる年度に支払わせる方法であるとされており、別途告示されることとなっている。
なお、負担金の償還に係る利息(いわゆる償還利息)には消費税は課されないこととされているので、留意されたい。
(3) 事業参加資格者の支払方法及び市町村の支払方法の改正
法第90条第2項の規定により事業参加資格者が負担金を都道府県に支払う方法及び法第90条第5項の規定により市町村が負担金を都道府県に支払う方法については、消費税以外の部分については従来どおり元利均等年賦支払の方法又は一時支払の方法により支払わせるものとし、国の消費税相当額に応ずる負担金の部分については、(2)の農林水産大臣の定める支払の方法に準拠して都道府県が定める支払の方法により支払わせるものとされた(令第53条第1項、第53条の4第1項)。
3 その他
次に掲げる国営土地改良事業であって平成元年度以降に事業完了するものについて、当該事業に係る受益者負担部分に係る国の消費税相当額につき適正な転嫁が行われるよう改正が行われたので留意されたい。
(1) 国営農地開発事業のうち土地改良法施行令の一部を改正する政令(昭和47年政令第231号)の施行日前に工事着手のために必要な要件が備わったもの(改正令附則第5条)
(2) 国営農地開発事業等であって土地改良法施行令の一部を改正する政令(平成元年政令第216号。以下「元年改正令」という。)の施行日前に調査が開始されたもののうち、農林水産大臣が指定するもの(改正令附則第6条)
(3) 国営土地改良事業のうち元年改正令の施行日前に申請(非申請事業にあっては土地改良事業計画の作成。以下「申請等」という。)が行われたもの(改正令附則第6 条)
III 経過措置等
1 国営かんがい排水事業に係る都道府県の負担割合の変更に係る経過措置
(1) 国営かんがい排水事業に係る都道府県の負担割合の変更(Iの3の(1)参照)については、次に掲げる事業について適用し、改正令の施行日前に申請等が行われた国営土地改良事業([2]に掲げる事業を除く。)については、従前の例によるものとされた(改正令附則第6条)。
[1] 改正令の施行日以後に申請等が行われた国営土地改良事業
[2] 改正令の施行日前に申請等が行われた国営土地改良事業のうち、施行日以後に、指定小規模用水工事の追加に係る土地改良事業計画の変更が行われたもの
したがって、当該指定小規模用水工事を国営かんがい排水事業として実施する場合にあっては、法の規定に基づき土地改良事業計画の変更手続を行う必要があるので、留意されたい。
(2) 元年改正令の施行日前に申請等が行われた国営かんがい排水事業のうち、改正令の施行日以後に指定小規模用水工事の追加に係る土地改良事業計画の変更が行われたものについては、当該指定小規模用水工事に係る事業費の100分の50(特別型にあっては、100分の52)を法第90条第1項に基づき都道府県に負担させることができるものとされた(改正令附則第6条)。
したがって、元年改正令の施行日前に申請等が行われた国営かんがい排水事業において当該指定小規模用水工事を実施する場合にあっては、(1)と同様、法の規定に基づき土地改良事業計画の変更手続を行う必要があるので、留意されたい。
2 他政令の改正
(1) 沖縄振興開発特別措置法施行令(昭和47年政令第185号)別表第1及び琵琶湖総合開発特別措置法施行令(昭和47年政令第307号)第2条においては、国営土地改良事業に係る国庫負担額の特例が規定されているところであるが、当該国庫負担額の算定に当たっては、国の消費税相当額についてその全額が県に転嫁がなされるよう改正が行われた(改正令附則第7条、第8条)。
(2) 農地総合開発整備事業については、水資源地域対策特別措置法施行令(昭和49年 政令第27号)における整備事業に位置付けられていたところであるが、同事業が廃止されたことに伴い、同事業に代わって、中山間地域農村活性化総合整備事業が整備事業に位置付けられたので留意されたい。

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