初日: 2008年11月13日
開会式では、冒頭、主催者のインドネシア政府を代表してインドネシア公共事業省のIwan Nursyirwan水資源総局長より開会の挨拶があった。
その後、インドネシア農業省Hilman Manan土地管理総局長及び日本の八丁信正近畿大学教授より、基調講演が行われた。
基調講演が終了した後、2つの部屋に分かれてシンポジウムが行なわれた。シンポジウムには各国INWEPF代表者のほか、インドネシアの農業土木技術者および関係者、学識者など多くの方の参加があった。
二日目: 2008年11月14日
バリ島南部のTabanan地区において、代表的なスバックの灌漑施設の展示や農村の伝統的な家を見学した。その後、ブリンケットスバックが管理している水田にて、現在行なわれている稲作の耕作方法の説明を農民組織の代表から受けた。
三日目: 2008年11月15日
2006年9月のINWEPF第3回運営会議において設立された3つのWG（ワーキンググループ）に分かれて、それぞれのテーマに沿った会議が開催された。
議題 1: 議長、副議長の選出
INWEPFインドネシア委員会からの提案後、全会一致でインドネシアのガニー氏が議長を努めることとなり、その後、副議長に日本の中村良太日本水土総合研究所技術顧問が選ばれた。
議題 2: 2007年から2008年の間のINWEPFの活動報告
昨年の開催国であるタイから昨年度の第4回運営会議後の活動の報告があった。主な項目はバーチャルミーティング、第1回アジア太平洋水サミットへの参加、WGの活動であった。
議題 3: 2007-2008年活動計画
INWEPFインドネシア委員会事務局より、2008-2009年活動計画（案）について説明がなされた。
議題 4: 第5回世界水フォーラムへのメッセージ
INWEPF 日本委員会の農村振興局設計課海外土地改良技術室渡邊室長より、これまでのINWEPFとWWFとの関わりや発信したメッセージおよび第5回WWFの概要およびフレームワークについて説明があり、第5回WWFに対するINWEPFからのメッセージの作成について提案が行われた。その結果、メッセージは、来年1月までに各国から意見を調整されることとなった。
議題 5: その他の議題
2009年度の主催国
2009年の第6回INWEPF運営会議は日本が主催することで合意しました。
