農林水産省関係の主な申請手続の一覧
1.概要
農林水産省において、令和8年10月から順次、現行eMAFF申請から新しいeMAFF申請（eMAFF申請2.0）やその他方法での申請への移行を進めています。本一覧では、現行eMAFF申請からの移行先と移行時期を記載しております。以下一覧にない制度については、当該制度を所管する窓口にお問合せください。なお、令和9年3月中に現行eMAFF申請へのログインはできなくなりますので、現行eMAFF申請上で取得している交付決定通知書等のファイルは、必要に応じてご自身の端末等で保存いただくようお願いいたします。
2.移行対象制度一覧（最終更新日：令和8年8月5日）
| No. | 制度名 | 移行前 | 移行後 | 申請に関する問合せ先 | ||
| システム | 申請受付終了予定日 | システム | 受付開始予定日 | 組織名・電話番号 | ||
| 1 | 環境配慮のチェック・要件化 | － | － | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月1日 | 大臣官房 環境バイオマス政策課 TEL:03-6744-1865 |
| 2 | 食品リサイクル法の定期報告 | － | － | eMAFF申請2.0 | 令和9年4月1日 | 大臣官房 新事業・食品産業部外食・食文化課食品ロス・リサイクル対策室 TEL:03-6744-2066 |
| 3 | JAS制度 | 現行eMAFF申請 | 令和8年10月21日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月22日 | 大臣官房 新事業・食品産業部食品製造課基準認証室 TEL:03-6744-2098 |
| 4 | 輸出検疫 | 現行eMAFF申請 | 令和9年1月31日 | eMAFF申請2.0 | 令和9年2月1日 | 消費・安全局 植物防疫課国際室輸出検疫班 TEL:03-3502-5976 ※申請に関する問合せ先については備考をご覧下さい。 |
| 【備考】 移行される手続きは目視検査・栽培地検査・精密検査・消毒検査です。移行しない手続きについては、メール等で申請を受け付けます。 植物防疫所及び登録検査機関への申請は同じ手続きに統合されます。 申請に関する問合せ先 - 横浜植物防疫所業務部輸出検疫担当 TEL:045-211-7155 - 名古屋植物防疫所輸出検疫担当 TEL:052-651-0114 - 神戸植物防疫所業務部輸出検疫担当 TEL:078-331-2384 - 門司植物防疫所輸出検疫担当 TEL:093-280-4319 - 那覇植物防疫事務所輸出及び国内検疫担当 TEL:098-868-1679 |
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| 5 | 農薬取締法 | 現行eMAFF申請 | 令和8年12月31日 | eMAFF申請2.0 | 令和9年4月1日 | 消費・安全局 農産安全管理課農薬対策室 TEL:03-3502-5969 |
| 6 | 獣医師法第22条の届出 | 現行eMAFF申請 | 終了 | eMAFF申請2.0 | 令和9年1月1日 | 消費・安全局 畜水産安全管理課獣医療チーム TEL:03-3501-4094 |
| 7 | 動物薬事申請（販売業）（製造販売業）（国内製造業）（外国製造業）（修理業）（その他） | 現行eMAFF申請 | 手続き種別による (早くて令和8年9月2日） |
eMAFF申請2.0 | 令和8年10月22日 | 消費・安全局 畜水産安全管理課・薬事監視指導班 TEL:03-3502-8701 |
| 【備考】 現行eMAFF申請での受付は令和8年10月21日まで、それ以降はeMAFF申請2.0をご利用ください。 ただし、以下の申請については、現行のeMAFF申請の受付終了日が異なります。 製造販売業、国内製造業、外国製造業及び修理業における - 新規申請（電子納付申請・アナログ納付申請（※）ともに）：令和8年9月2日まで - 更新申請（電子納付申請）：令和8年12月2日まで アナログ納付申請：申請手続きは電子で行うが、登録免許税・手数料の納付は電子納付ではなく、振り込みや収入印紙で行うもの また、eMAFF申請2.0では、製造販売業、国内・外国製造業、修理業における新規・更新手続きは電子納付申請が可能であり、受付開始は令和9年4月1日を予定しています。 電子納付が使用できない期間につきましては、お手数ですが書面での申請をお願いいたします。 （書換え・再交付・区分追加/変更は電子納付に対応しておりませんので、従前通り、電子申請をされた場合であっても別途、領収書・収入印紙が貼付された申請書の原本提出が必要となります。） |
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| 8 | 動物薬事申請（承認申請）（調査関係）（治験関係）（国家検定関係）（取扱数量）（注意事項等情報関係） | 現行eMAFF申請 | 令和8年10月21日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月22日 | 動物医薬品検査所審査調整課、動物医薬品検査所技術指導課、動物医薬品検査所企画調整課 TEL:029-811-6380 |
| 【備考】 令和8年10月22日以降は現行eMAFF申請から新規の申請はしないでください。 |
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| 9 | 飼養衛生管理基準 | 現行eMAFF申請 | 令和9年2月末 | 個別システム | 令和8年9月頃 | 消費安全局 動物衛生課 TEL:03-6744-7144 |
| 10 | 関税割当申請 | 現行eMAFF申請 | 令和9年3月中旬 | eMAFF申請2.0 | 令和8年12月8日 | 【関税割当制度全般】 輸出・国際局 国際経済課 【一般関税割当】 関税班 TEL:03⁻3502-5928 【EPA関税割当・関税割当申請のeMAFF申請2.0全般】 特恵・特殊関税班 TEL:03-6744-7165 品目ごとの申請方法等については備考をご覧下さい。 |
| 【備考】 - 令和9年度申請はeMAFF申請2.0での受付となります。令和8年度申請は現行eMAFF申請となりますのでご留意下さい。 - 品目ごとの申請方法等については、以下のリンクにおける関税割当申請書の受付担当課一覧をご確認の上、お問い合わせ下さい。 関税割当てのご利用を検討されている方へ（利用のメリット）はこちら(PDF : 519 KB) |
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| 11 | 中国向け輸出農林水産物・食品施設認定 | 現行eMAFF申請 | 令和9年1月25日 | eMAFF申請2.0 | 令和9年2月1日 | 輸出・国際局 規制対策グル－プ農畜産物班 TEL:03-3501-4079 |
| 【備考】 令和9年1月25日まで現行システムで手続きを行います。（1月26日～31日は移行期間のため手続き不可） |
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| 12 | 指定種苗制度 | 現行eMAFF申請 | 令和8年9月30日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月1日 | 輸出国際局 知的財産課種苗企画班 TEL:03-6738-6443 |
| 13 | 米穀等取扱事業者届出・報告 | － | － | eMAFF申請2.0 | 備考参照 | 【届出】 農産局 企画課米流通対策官 TEL:03-3503-3956 【報告】 農産局 企画課米流通対策官 TEL:03-3502-8560 |
| 【備考】 届出については令和8年10月1日、報告については令和9年4月以降を予定しております。 |
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| 14 | 環境保全型農業直接支払交付金 | 現行eMAFF申請 | 令和9年2月末 | Excelベースでの運用 | 令和9年4月1日 | 農産局 農業環境対策課 TEL:03-6744-0499 |
| 15 | 経営所得安定対策 | 現行eMAFF申請 | 終了 | 経安申請システム（BAMS） | 令和9年4月1日 | 農産局 穀物課経営安定対策室 TEL:03-3502-5601 |
| 16 | 水田活用の直接支払交付金 | 現行eMAFF申請 | 終了 | 経安申請システム（BAMS） | 令和9年4月1日 | 農産局 企画課水田農業対策室 TEL:03-3597-0191 |
| 17 | 鶏卵生産者経営安定対策事業 | 現行eMAFF申請 | 令和8年11月30日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年12月1日 | 畜産局 食肉鶏卵課 鶏卵食鳥班 TEL:03-3502-5990 |
| 18 | 農業保険のうち農業共済（農業共済組合等による申請） | 現行eMAFF申請 | 令和8年9月30日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月1日 | 経営局保険課・保険監理官（企画調査班） 各事業に関する問合せ先については備考をご覧下さい。 |
| 【備考】 各事業に関する問合せ先 - 農業共済事務費負担金に関する問合せ（保険課予算班 TEL:03-6744-2176） - 農作物・畑作物共済に関する問合せ（農作物・畑作物班 TEL:03-6744-2180） - 果樹共済に関する問合せ（果樹班 TEL:03-3502-8565） - 園芸施設共済に関する問合せ（園芸施設班 TEL:03-3502-7394） - 家畜共済に関する問合せ（家畜班 TEL:03-3501-3709） |
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| 19 | 農業保険（農業者による加入申込） | － | － | eMAFF申請2.0 | 備考参照 | 経営局保険課・保険監理官（企画調査班） TEL:03-6744-2175 |
| 【備考】 - 農作物共済、畑作物共済、果樹共済については未定。 - 家畜共済、園芸施設共済、収入保険については令和9年3月頃予定。 |
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| 20 | 農地制度 | 現行eMAFF申請 | 令和8年9月30日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月1日 | 【農地法第3条、3条の3、6条、6条の2関係】 経営局農地政策課農地調整グループ TEL:03-6744-2153 【農地転用（届出）関係】 農村振興局農村計画課転用班 TEL:03-6744-2202 |
| 21 | 農業協同組合法 | 現行eMAFF申請 | 令和9年2月上旬 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月1日 | 経営局 協同組織課 TEL:03⁻3502⁻6663 |
| 【備考】 現行eMAFF申請は令和9年3月中旬に稼働を終了する予定のため、eMAFF申請2.0への移行後は、同システムから申請をお願いいたします。 |
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| 22 | 農業経営基盤強化準備金制度 | 現行eMAFF申請 | 令和9年3月17日 | eMAFF申請2.0 | 令和9年3月17日 | 経営局 経営政策課経営政策推進グループ TEL:03-6744-0576 |
| 23 | 認定農業者制度 | 現行eMAFF申請 | 令和8年11月30日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年12月1日 | 経営局 経営政策課 |
| 24 | 地域農業経営基盤強化促進計画 | － | － | eMAFF申請2.0 | 検討中 | 経営局 農地政策課 TEL:03-3591-1389 |
| 25 | 農業経営改善関係資金 | 現行eMAFF申請 | 終了 | 日本公庫ダイレクト | 令和6年3月4日 | 株式会社日本政策金融公庫 新業務企画室 TEL:03⁻3270⁻2747 |
| 【備考】 日本公庫ダイレクトはこちら（外部サイト） |
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| 26 | 農林漁業セーフティネット資金 | 現行eMAFF申請 | 終了 | 日本公庫ダイレクト | 令和6年3月4日 | 株式会社日本政策金融公庫 新業務企画室 TEL:03⁻3270⁻2747 |
| 【備考】 日本公庫ダイレクトはこちら（外部サイト） |
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| 27 | 中山間地域等直接支払交付金 | 現行eMAFF申請 | 終了 | eMAFF申請2.0 | 令和9年4月1日 | 農村振興局 地域振興課直接支払業務班 TEL:03-3501-8359 |
| 28 | 多面的機能支払交付金 | 現行eMAFF申請 | 令和9年3月12日 | eMAFF申請2.0 | 令和9年4月1日 | 農村振興局 農地資源課多面的機能支払推進室 TEL:03-6744-2447 |
| 29 | 中山間地農業ルネッサンス事業 | 現行eMAFF申請 | 令和9年3月12日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年11月1日 | 農村振興局 地域振興課事業指導班 TEL:03-3501-8359 |
| 【備考】 本年度策定予定の令和9年度計画は、次期システム（eMAFF申請2.0）にて手続。 現（令和8年度）計画については、引き続き現行eMAFF申請にて手続。（ただし、現行システム終了後は、メール等にて対応とする。） |
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| 30 | 土地改良財産の他目的使用、収益の承認（新規）、（期間更新）、改築、追加工事等の承認、管理状況の報告 | 現行eMAFF申請 | 令和8年10月21日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月22日 | 農村振興局 整備部水資源課企画業務班 TEL:03-3591-7073 |
| 【備考】 現行eMAFF申請からeMAFF申請2.0への移行期間中（令和8年10月17日～10月21日）は申請を行えません。 また、10月17日時点で審査中の申請は移行されませんので、ご留意願います。 |
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| 31 | 林業作業士等研修修了者名簿への登録（大臣登録） | － | － | eMAFF申請2.0 | 令和9年4月1日 | 林野庁 林政部経営課 林業労働・経営対策室 事業体育成班 TEL:03-3502-1629 |
| 32 | 保安林制度 | 現行eMAFF申請 | 令和9年2月28日 | 未定 | 未定 | 林野庁 森林整備部治山課 |
| 33 | まぐろ類の輸入に係る報告の徴収 | 現行eMAFF申請 | 令和8年10月21日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月22日 | 水産庁 資源管理部国際課海洋漁業資源管理班 TEL:03-3502-8204 |
| 34 | 特定水産動植物等の国内流通の適正化法に関する法律 | 現行eMAFF申請 | 令和9年2月末 | eMAFF申請2.0 | 令和9年4月1日 | 水産庁 漁政部加工流通課水産流通適正化推進室 TEL:03－6744-0581 |
| 35 | 水産基盤整備事業 | 現行eMAFF申請 | 令和8年9月25日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月1日 | 水産庁 漁港漁場整備部事業課総括班 TEL:03-3502-8493 |
| 36 | 地方創生推進交付金 | 現行eMAFF申請 | 令和8年9月30日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月1日 | 水産庁 漁港漁場整備部事業課総括班 TEL:03-3502-8493 |
| 37 | 漁港機能増進事業 | 現行eMAFF申請 | 令和8年9月30日 | eMAFF申請2.0 | 令和8年10月1日 | 水産庁 計画・海業政策課 海業・利用調整班、事業課 設計班 TEL:03-6744-2390 |
お問合せ先
大臣官房デジタル戦略グループ
担当者：eMAFF申請班
代表：03-3502-8111（内線3266）
ダイヤルイン：03-3502-8438
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